Ученые обнаружили новый слой болезни Альцгеймера в 3D-структуре генома
Материал подготовлен искусственным интеллектом на основе нескольких источников — ссылки на оригиналы приведены ниже.
Исследователи из Университета Карнеги-Меллона, Питтсбургского университета и Университета Вашингтона обнаружили, что трехмерная организация генома различается в определенных клетках мозга у людей с болезнью Альцгеймера. Исследование, опубликованное в Science, связало эти изменения в укладке генома со сдвигами в активности генов и организации мозговой ткани. Команда объединила технологию одиночных клеток, пространственное картирование и модель глубокого обучения для создания картины.
Ключевые факты
- Исследование опубликовано в Science, в нем участвовали исследователи из Университета Карнеги-Меллона, Питтсбургского университета и Университета Вашингтона.
- Исследователи изучили посмертные образцы префронтальной коры людей с болезнью Альцгеймера и без нее, участвовавших в долгосрочном исследовании деменции.
- Команда использовала GAGE-seq — метод, измеряющий экспрессию генов и трехмерные контакты генома в одной и той же клетке.
- Цзянь Ма, профессор вычислительной биологии имени Рэя и Стефани Лейн в Университете Карнеги-Меллона, возглавил и курировал исследование.
- Хансруди Матис, доцент нейробиологии Питтсбургского университета, руководил питтсбургской частью исследования.
Различия в укладке генома
Трехмерная организация генома различается в определенных клетках мозга у людей с болезнью Альцгеймера. Эти изменения в укладке генома связаны со сдвигами в активности генов и организации мозговой ткани. ДНК складывается в сложную трехмерную структуру, которая помогает определять, какие гены доступны и активны. Изменения в этой физической организации могут влиять на функционирование клеток.
Методы исследования
Команда объединила технологию одиночных клеток, пространственное картирование мозговой ткани и новую модель глубокого обучения. Измерения GAGE-seq были объединены с пространственными транскриптомными картами, которые сохраняют информацию о том, где происходит активность генов в интактной мозговой ткани. Объединив эти наборы данных, исследователи связали физическую организацию генома с регуляцией генов, одновременно видя, где молекулярные и клеточные изменения, связанные с болезнью Альцгеймера, появляются в окружающей ткани.
Руководство исследованием
Цзянь Ма, профессор вычислительной биологии имени Рэя и Стефани Лейн в Университете Карнеги-Меллона, возглавил и курировал исследование. Хансруди Матис, доцент нейробиологии Питтсбургского университета, руководил питтсбургской частью исследования. В исследовании участвовали ученые из отдела вычислительной биологии имени Рэя и Стефани Лейн Университета Карнеги-Меллона, отдела нейробиологии Питтсбургского университета и сотрудничающих учреждений.
1 источник
Время · отставание